Οι Σκοποί του ΣΠΩΘΒΕ, ως Επιστημονικό Σωματείο, είναι οι εξής:
(σύμφωνα με το ισχύον Καταστατικό του και το οποίο εγκρίθηκε από το Πρωτοδικείο Αθηνών)

1. Η συνεργασία των Μελών του Συλλόγου με το Τμήμα Ωκεανογραφίας και Θαλασσίων Βιοεπιστημών (εφεξής ΤΩΘΒΕ), της Σχολής Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου, για οποιοδήποτε θέμα απασχολεί τόσο τους Πτυχιούχους του ΤΩΘΒΕ, όσο και το ίδιο το ΤΩΘΒΕ.
2. Η προστασία και αποκατάσταση των υδάτινων οικοσυστημάτων της Ελλάδας και της χλωρίδας και πανίδας που διαβιούν σε αυτά.
3. Η προστασία και αειφόρος (βιώσιμη) ανάπτυξη του θαλάσσιου περιβάλλοντος, της παράκτιας ζώνης και της πολιτιστικής κληρονομιάς τόσο σε εθνικό, όσο και σε ευρωπαϊκό επίπεδο.
4. Η προώθηση, ανάπτυξη και διάδοση της Ωκεανογραφικής Επιστήμης και των Θαλασσίων Βιοεπιστημών / της Ιχθυολογίας / της Θαλάσσιας Περιβαλλοντικής Επιστήμης και έρευνας στην Ελλάδα για τη προστασία και την αειφόρο (βιώσιμη) ανάπτυξη των θαλασσίων φυσικών πόρων, συμπεριλαμβανομένων και αυτών του θαλάσσιου πυθμένα.
5. H διασύνδεση της Ωκεανογραφικής Επιστήμης και των Θαλασσίων Βιοεπιστημών / της Ιχθυολογίας / της Θαλάσσιας Περιβαλλοντικής Επιστήμης με τη κοινωνία μέσω της ενημέρωσης, ευαισθητοποίησης και εκπαίδευσης του κοινού και ιδιαίτερα των μαθητών για θέματα που αφορούν το παράκτιο και θαλάσσιο περιβάλλον.
6. Η προώθηση, βελτίωση και κατοχύρωση των Ωκεανογραφικών σπουδών και των σπουδών στις Θαλάσσιες Βιοεπιστήμες / στην Ιχθυολογία / στη Θαλάσσια Περιβαλλοντική Επιστήμη, στην Ελλάδα σε προπτυχιακό, μεταπτυχιακό (π.χ. μάστερ, διδακτορικό), μεταδιδακτορικό, αλλά και σε τεχνικό, επαγγελματικό επίπεδο.
7. Η προώθηση και κατοχύρωση του επαγγέλματος του Ωκεανογράφου (Ωκεανολόγου) / Θαλάσσιου Βιοεπιστήμονα, ώστε οι Πτυχιούχοι του ΤΩΘΒΕ -επιστήμονες Ωκεανογράφοι / Θαλάσσιοι Βιοεπιστήμονες / Ιχθυολόγοι / Θαλάσσιοι Περιβαλλοντολόγοι- να συμμετέχουν σε όλα τα πεδία δραστηριοτήτων που σχετίζονται με το θαλάσσιο και παράκτιο περιβάλλον (Σχεδιασμός - Μελέτη - Έρευνα - Προστασία - Διαχείριση - Εκπαίδευση).
8. Η συνεργασία με την Πολιτεία, αλλά και με άλλους δημοσίους ή ιδιωτικούς φορείς για τη προώθηση συγκεκριμένων θεμάτων, εκπόνηση μελετών και χάραξη πολιτικής σχετικά με τη Θαλάσσια Στρατηγική, το Θαλάσσιο Χωροταξικό Σχεδιασμό και τη Μελέτη - Προστασία - Διαχείριση και αειφόρο (βιώσιμη) εκμετάλλευση των φυσικών πόρων του θαλασσίου και παράκτιου περιβάλλοντος.
9. Η ανάπτυξη της αλληλεγγύης και συνεργασίας μεταξύ των Μελών του.
10. Η διεκδίκηση και διασφάλιση των συνδικαλιστικών δικαιωμάτων των Πτυχιούχων Ωκεανογράφων / Θαλασσίων Βιοεπιστημόνων / Ιχθυολόγων / Θαλασσίων Περιβαλλοντολόγων και της συμμετοχής και εκπροσώπησής τους σε Επαγγελματικές Ενώσεις και Επιμελητήρια.
11. Η βοήθεια προς τους προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές κατά τη διάρκεια των σπουδών τους και κατά την εκπόνηση διδακτορικών διατριβών σχετικών με το αντικείμενο της Ωκεανογραφίας και των Θαλασσίων Βιοεπιστημών και προς τους ανέργους Πτυχιούχους Ωκεανογράφους και Θαλάσσιους Βιοεπιστήμονες / Ιχθυολόγους / Θαλάσσιους Περιβαλλοντολόγους για επαγγελματική αποκατάσταση σχετική με την επιστημονική τους ειδικότητα.